Na sequência da 3ª Conferência das Nações Unidas sobre o Direito do Mar, realizada em Nova Iorque em 1973, a partir da qual se preparou a Convenção das Nações Unidas sobre o Direito do Mar (redação final de 1982), que atribuiu aos Estados o direito de administrar as suas zonas económicas exclusivas (artº 55 da Convenção), foi necessário criar em Portugal uma instância capaz de assegurar a coordenação das atividades relacionadas com o estudo, a exploração e a gestão dos oceanos, na forma de uma comissão especializada. A Comissão Permanente de Oceanologia (CPO) nasceu com esse intuito, tendo sido criada na Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica através da Portaria nº 694/79 de 19 de dezembro, como «organismo consultivo coordenador e avaliador das atividades nacionais de investigação científica e tecnológica no domínio da oceanologia». O artº 2º da referida Portaria esclarece as competências atribuídas a esta nova entidade: «a) Contribuir activamente para a definição de uma política oceanológica (...) nacional; b) Propor planos, programas e projectos anuais ou plurianuais de investigação científica e tecnológica na área da oceanologia, (...) dar parecer (...) sobre projectos de acordos ou convénios de cooperação internacional, bilateral ou multilateral; c) Promover a realização de conferências, seminários e outras actividades de natureza semelhante e aconselhar o Governo (...); d) Apoiar (...) [e] providenciar pela recolha de informações sobre actividades oceanológicas nacionais ou internacionais.»

A CPO seria liderada por um presidente, «nomeado pelo Secretário de Estado da Ciência, sob proposta do Presidente da Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica», coadjuvado por um vice-presidente, sendo constituída por um colégio de representantes dos Ministérios da Agricultura e Pescas, da Educação, das Finanças, da Coordenação Económica e do Plano, da Habitação e das Obras Públicas, da Indústria e dos Transportes e Comunicações, bem como dos Governos Regionais da Madeira e dos Açores, das Forças Armadas - Força Aérea e Marinha -, designados pela respetiva tutela. Completariam esse colégio «seis personalidade de reconhecido mérito na área da oceanologia, nomeadas pelo Secretário de Estado da Ciência, sob proposta do Presidente da JNICT, ouvidos os restantes membros da CPO». Em 1982, tendo em vista adequar-se às novas designações ministeriais, a CPO teve a sua composição alterada por Portaria do Ministério da Cultura e Coordenação Científica (Portaria nº 181/82 de 9 de fevereiro), vindo a ser extinta em 1986 na sequência da reestruturação da JNICT formalizada pelo Decreto-lei nº 28/86 de 19 de fevereiro do Ministério do Plano e da Administração do Território, que criava um Conselho Consultivo bem como as Comissões Coordenadoras de Investigação (CCI). Tal resultava de uma conjuntura nova que aconselhava uma «intensificação» e ampliação de prerrogativas da Junta no quadro da adesão de Portugal à Comunidade Económica Europeia. A CPO foi presidida por José Augusto Barahona Fernandes, Vice-Almirante, por proposta do então Presidente da JNICT, José Caetano Mendes Mourão.