A necessidade de garantir a gestão e administração do património, recursos financeiros e recursos humanos, existiu desde a criação da Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica (JNICT). Inicialmente, foi a Secretaria-Geral da Presidência do Conselho que assegurou o cumprimento destas funções (Decreto-lei n.º 47 791, de 11 de Julho de 1967). Anos mais tarde, em 1970, foi criada uma repartição para o efeito, dividida em três secções: Contabilidade, Expediente e Relações Internacionais (Decreto-lei n.º 601/70, de 5 de Dezembro) e em 1986 foi criada, enquanto serviço de apoio na estrutura permanente da JNICT, a Direcção de Serviços de Gestão Administrativa e Financeira (Decreto-lei n.º 130/86, de 7 de Junho).
Nos anos 90 passou a denominar-se Direcção de Serviços de Gestão e Administração, compreendendo duas repartições: Repartição de Gestão Financeira e Patrimonial e Repartição de Pessoal e Expediente. Em 1997, data de extinção da JNICT, a DSGA mantinha a mesma denominação e obedecia à mesma estrutura orgânica.