A Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica (JNICT) foi criada em 1967, na Presidência do Conselho, tendo por funções planear, coordenar e fomentar a investigação científica e tecnológica no território nacional (Decreto-Lei n.º 47 791, de 11 de julho).
À medida que o âmbito de actuação da JNICT cresceu, surgiram várias comissões permanentes para determinadas áreas então consideradas estratégicas: a Comissão Permanente de Estudos do Espaço Exterior (1970); a Comissão Permanente INVOTAN (1970); a Comissão Nacional do Ambiente (1971); a Comissão Permanente para a Cooperação Científica e Técnica com as Comunidades Europeias e com a OCDE - COCEDE (1971).
Em 1973, foram criados e estruturados três serviços distintos para responder às necessidades de novas actividades: inventariação permanente do potencial científico e técnico do país (pessoal, despesa, projectos e equipamentos) (Serviço de Inventário e Análise de Recursos); avaliação e acompanhamento de programas e planos de investigação (Serviço de Planeamento e Projectos); e as acções no domínio da informação científica e técnica (Serviço de Informação Científica e Técnica).
Em 1986, com a extinção do Instituto de Análise da Conjuntura e Estudos de Planeamento (IACEP), pelo Decreto-Lei 41/86, de 6 de Março , o pessoal afeto ao Núcleo de Estudos Básicos de Economia Quantitativa passou a integrar os quadros de pessoal da JNICT, conforme Despacho Ministerial 20/86, assinado pelo então ministro da tutela (MPAT), Luís Valente de Oliveira. O IACEP foi criado em 1980, pelo Decreto-Lei 526/80, de 5 de Novembro, tendo integrado o Centro de Estudos de Planeamento (CEP), criado pelo Decreto-Lei 48301/1968 e o Grupo de Estudos Básicos de Economia Industrial (GEBEI), criado pelo Despacho de 6 de Julho de 1973 do Secretário de Estado da Indústria, Hermes Augusto dos Santos.
Em 1988, a JNICT sofreu uma reestruturação, através da qual foi consolidado o seu papel de instituição financiadora de investigação científica e desenvolvimento tecnológico (Decreto-lei n.º 374/88, de 21 de Outubro).
Em 1992, com a extinção do Instituto Nacional de Investigação Científica (INIC), algumas das principais atribuições desta entidade - o financiamento dos centros de investigação ligados às instituições de Ensino Superior - foram transferidas para a JNICT (Decreto-lei n.º 188/92, de 27 de Agosto).
Em 1993 foi criada a Delegação da JNICT no Norte (Despacho 5/SECT/93, de 24 de Fevereiro), com o objectivo de se potenciar uma melhor gestão e acompanhamento dos programas científicos e tecnológicos da JNICT, na região norte do país. Um ano depois, em 1994, ocorreu a última reestruturação da JNICT, com a qual funcionou até à data da sua extinção (Decreto-lei n.º201/94, de 22 de Julho). As principais funções da JNICT eram nessa altura: apoiar e fomentar a investigação fundamental e aplicada, e o desenvolvimento tecnológico, em todas as unidades do sistema científico e tecnológico nacional; realizar os estudos necessários à definição da política nacional de investigação e desenvolvimento tecnológico (IDT); propor linhas gerais de financiamento público de IDT a incluir no Orçamento do Estado; elaborar e acompanhar os planos plurianuais de IDT; financiar programas de investigação ou de formação de investigadores; colaborar com departamentos governamentais; assegurar a recolha, o tratamento e a distribuição da documentação científica e técnica solicitada pela comunidade científica e tecnológica; promover e participar no desenvolvimento das estruturas, redes e sistemas de informação científica e técnica e na aplicação de novas tecnologias ao tratamento e difusão da informação.
A data de extinção da JNICT foi fixada em 1996 (Decreto-lei n.º 144/96, de 26 de Agosto), tendo a mesma deixado de estar em atividade no ano seguinte, após a entrada em vigor dos diplomas orgânicos das entidades que lhe sucederam e pelas quais foram repartidas as suas atribuições: a Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., com atribuições na área da avaliação e financiamento da investigação; o Instituto de Cooperação Científica e Tecnológica Internacional, responsável por toda a cooperação internacional, bilateral e multilateral, e o Observatório das Ciências e das Tecnologias, com atribuições na área da observação, inquirição e análise.