As comissões de selecção e acompanhamento eram órgãos de consulta técnico-científica que integravam o sistema de consulta do PRAXIS XXI. Tinham por competências: a) emitir parecer sobre os critérios e metodologias a adoptar para a selecção das propostas de financiamento; b) apreciar, sob o ponto de vista técnico e científico, as propostas apresentadas, considerando os pareceres dos peritos e os pareceres das comissões consultivas regionais; c) emitir parecer técnico e científico sobre o mérito absoluto das propostas apresentadas, propondo a exclusão das que não satisfaçam aos objectivos do programa ou não ofereçam garantias de concretização; d) emitir parecer técnico e científico sobre o mérito relativo das propostas apresentadas a concurso, propondo a sua seriação; e) emitir parecer sobre as medidas de acompanhamento técnico-científico dos projectos financiados; f) apreciar e dar parecer sobre eventuais reclamações; g) e pronunciar-se sobre questões de natureza técnico-científica que lhes sejam submetidas por um gestor (Ministério do Planeamento e do Ordenamento do Território, Despacho 40/MPAT/95, Diário da República nº 83, II Série, 07-04-1995).

Existiram quatro comissões de seleção e acompanhamento que cobriam os domínios correspondentes a vários programas:

1. Comissão de Ciências Exatas e Tecnologias,

2. Comissão de Ciências Naturais, da Vida e do Ambiente,

3. Comissão de Ciências Agrárias,

4. Comissão de Ciências Sociais e Humanas

A série documenta o apoio administrativo dado pelo Gabinete de Gestão do PRAXIS XXI ao trabalho das comissões de seleção e acompanhamento.