Em 2001, o Programa do FACC foi estruturado em dois projetos do Programa de Investimentos e Despesas de Desenvolvimento da Administração Central (PIDDAC), um deles com os objetivos e formas de aplicação anteriores, também designado por FACC, e um novo destinado ao apoio a Projectos Especiais.
Neste âmbito, nos anos de 2001/2003 o Serviço de Programas e Projectos teve a seu cargo a gestão dos Projectos Especiais.