A Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P. (FCT), integrada na administração indirecta do Estado, foi criada a 28-07-1997, (na tutela e superintendência do Ministro da Ciência e Tecnologia - MCT), após a extinção da Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica (JNICT) (Decreto-Lei nº 188/97, de 28 de Julho).
Com a extinção do Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (MCTES), no âmbito do Plano de Redução e Melhoria da Administração Central (PREMAC), e a criação do Ministério da Educação e Ciência (MEC) (Decreto-Lei n.º 86-A/2011, de 12 de Julho), a FCT passou para a tutela do Ministro da Educação e Ciência em 2011 (Decreto-lei nº 125/2011, de 29 de Dezembro).
A FCT é um instituto público - dotado de autonomia administrativa e financeira e com património próprio e é o serviço público responsável pela concepção e execução das «políticas científicas nacionais», através de acções de cooperação, avaliação, financiamento, apoio, consultoria, emissão de pareceres, representações do país, entre outras funções inerentes à gestão e coordenação de políticas científicas.
Dez anos após a sua criação, em 2007, já sob a tutela e superintendência do Ministro da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (MCTES), no quadro das orientações definidas pelo Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado (PRACE), a FCT sofreu uma reestruturação orgânica (DL nº 152/2007, de 27 de Abril; Portaria nº 550/2007, de 30 de Abril, Estatutos da FCT).
Na FCT passou a funcionar a Comissão INVOTAN, presidida pelo Director para a cooperação internacional em Ciência e Tecnologia.
Em 2015, na sequência do Programa de Redução e Melhoria da Administração Central (PREMAC), a FCT passou a ter nova organização (Decreto-Lei nº 55/2013, de 17 de abril; Portaria nº 216/215, de 21 de julho).
Esta nova lei orgânica refere que a "FCT, I.P., tem por missão o desenvolvimento, o financiamento e a avaliação de instituições, redes, infra-estruturas, equipamentos científicos, programas, projetos e recursos humanos em todos os domínios da ciência e da tecnologia, bem como o desenvolvimento da cooperação científica e tecnológica internacional, a coordenação das políticas públicas de ciência e tecnologia, e ainda o desenvolvimento dos meios nacionais de computação científica, promovendo a instalação e utilização de meios e serviços avançados e a sua articulação em rede" (Artigo 3.º do Decreto-Lei nº 55/2013, de 17 de abril).