Com a criação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), em 1997, pelo Decreto-Lei nº 188/1997, de 28 de Julho, foi constituída a Direcção de Serviços de Apoio às Instituições Científicas e Tecnológicas (DSAICT). A FCT sofreu a primeira reestruturação orgânica através da Portaria n.º 550/2007, de 30 de Abril de 2007, que fixou a nova orgânica da FCT e criou o Departamento de Suporte à Rede das Instituições Científicas e Tecnológicas (DSRICT), nome que manteve na reestruturação orgânica de 2012 (Portaria n.º 149/2012, de 16 de Maio).
A reestruturação orgânica, de 21 de julho de 2015, através da Portaria n.º 216/2015, alterou a designação para Departamento de Apoio às Instituições (DAI).