A Equipa de Projecto do Programa Fundo de Apoio à Comunidade Científica (EPPFACC), foi criada pelo Despacho nº 4/PCD/2010, de 29 de janeiro de 2010, sendo organicamente dependente do Departamento de Suporte à Rede das Instituições Científicas e Tecnológicas (DSRICT).
Com a reestruturação orgânica, de 21 de julho de 2015 (Portaria n.º 216/2015), a Equipa de Projecto do Programa Fundo de Apoio à Comunidade Científica mantém-se organicamente dependente do Departamento de Apoio às Instituições (DAI).