Com a criação da Direcção de Serviços de Programas e Projectos na Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), deu-se continuidade ao trabalho desenvolvido na extinta Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica, ao nível da gestão do financiamento de programas e projectos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico.

A Direcção de Serviços de Programas e Projectos tinha como competências: promover as acções necessárias aos trabalhos de avaliação de candidaturas a financiamentos de programas e projectos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico desenvolvidos pelos conselhos científicos, realizando, para o efeito, os estudos adequados; a realização das tarefas necessárias ao acompanhamento pelos conselhos científicos dos programas e projectos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico financiados ou co-financiados pela FCT, realizando para o efeito os estudos adequados; promoção da articulação dos programas e projectos financiados pela FCT com os participados por outras instituições.

Com a reestruturação da FCT, em 2007, a Direcção de Serviços de Programas e Projectos, passou a designar-se por Departamento de Programas e Projectos de Investigação Científica e Desenvolvimento Tecnológico, tendo as seguintes competências: garantir a gestão de programas e projectos de incremento das actividades de I&D; assegurar a gestão de programas globais horizontais de fomento de recursos humanos científicos e tecnológicos (bolsas); certificar a gestão de programas de apoio à comunidade científica através de intercâmbio científico; promover a elaboração de pareceres sobre programas e projectos de I&D inscritos no Orçamento do Estado e acompanhar a sua execução, cooperar no desenvolvimento e gestão de interfaces entre as actividades de I&D e as actividades e organismos de inovação e desenvolvimento tecnológico; impulsionar o apoio a unidades de I&D nacionais e cooperar com instituições homólogas estrangeiras, colaborar na realização de programas e projectos de I&D e de inovação tecnológica.

Desde 2012 a Direcção de Serviços de Programas e Projectos, passou a designar-se Departamento de Programas e Projectos e a ter como funções: assegurar a gestão corrente dos programas e projectos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico financiados ou co-financiados pela FCT, I. P.; assegurar as actividades necessárias ao acompanhamento pelos conselhos científicos dos programas e projectos apoiados; promover as acções necessárias aos trabalhos de avaliação de candidaturas a financiamento de programas e projectos de investigação científica e desenvolvimento tecnológico; promover a articulação dos programas e projectos financiados pela FCT, I. P., com os participados por outras instituições; prestar assessoria especializada ao conselho directivo nas áreas de avaliação e auditoria de programas e projectos de investigação e desenvolvimento, de concepção de programas e de promoção da transferência do conhecimento a nível nacional.