A Comissão Fulbright tem por missão "fomentar o entendimento mútuo entre Portugal e os Estados Unidos da América através da oferta de oportunidades de intercâmbio de professores, investigadores e estudantes, com base no mérito; da disponibilização de orientação e informação de qualidade sobre os sistemas de ensino dos dois países; e da organização de iniciativas que potenciem a partilha de conhecimento".
Para a execução do Programa Fulbright, a Comissão tem como atividade principal a atribuição de bolsas de estudo e de desenvolvimento profissional, que oferecem a estudantes e professores portugueses "a oportunidade de estudar, leccionar ou fazer investigação Estados Unidos da América, bem como a estudantes e professores americanos a oportunidade de desenvolver o mesmo tipo de actividades em Portugal".
A Comissão realiza ainda atividades para a promoção do conhecimento e do debate científico, económico e social, como workshops, palestras e as conferências Fulbright Brainstorms.
O financiamento do Programa Fulbright é garantido pelos governos americano e português e, adicionalmente, "por parcerias com o Camões IP, a Fundação para a Ciência e a Tecnologia, instituições de ensino superior e o setor privado, que possibilitam a atribuição de um maior número de Bolsas Fulbright e o apoio às atividades desenvolvidas". Além dos estudos e investigação em diversas áreas das ciências e das artes, são financiadas visitas e intercâmbio de estudantes, estagiários, professores e instrutores e outros programas e atividades educativas.
O financiamento das bolsas Fulbright inclui viagem, seguro e visto de permanência no estrangeiro, podendo abranger despesas de manutenção e dependentes em programas específicos.