As Comissões coordenadoras de investigação (CCI) da Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica foram criadas em 1986 e correspondiam «a sectores suficientemente vastos e permanentes da actividade nacional, tais como a agricultura, as florestas, a produção animal, os recursos minerais, o mar, a indústria e energia, os transportes, as comunicações, a construção, o urbanismo, o desenvolvimento regional, o ambiente, o desenvolvimento social e a saúde.»
As suas atribuições passavam por pronunciar-se sobre questões do seu âmbito que lhe fossem presentes, contribuir para o planeamento, coordenação e dinamização da investigação e tecnologia no respetivo setor e apoiar a Junta no acompanhamento e avaliação da investigação no respetivo setor (Decreto-Lei n.º 28/86, de 19 de fevereiro).
A pasta contém dois conjuntos documentais referentes às seguintes CCI's:
- CCI Ambiente;
- e CCI Biotecnologia.
Cada conjunto é composto, grosso modo, por ofícios recebidos e enviados, com anexos, pedidos de parecer, listas de membros das Comissões e documentos relativos às reuniões.