A Junta Nacional de Investigação Científica e Tecnológica (JNICT) foi criada em 1967, na Presidência do Conselho, tendo por funções planear, coordenar e fomentar a investigação científica e tecnológica no território nacional (Decreto Lei n.º 47 791, de 11 de julho). Inicialmente, a sua estrutura orgânica era composta por quatro órgãos: o Presidente; o Conselho Geral; a Comissão Executiva; o Conselho Administrativo.
À medida que o âmbito de atuação da JNICT cresceu, surgiram várias comissões permanentes para determinadas áreas então consideradas estratégicas: a Comissão Permanente de Estudos do Espaço Exterior (1070); a Comissão Permanente INVOTAN (1970); a Comissão Nacional do Ambiente (1971); a Comissão Permanente para a Cooperação Científica e Técnica com as Comunidades Europeias e com a OCDE - COCEDE (1971).
Em 1973, foram criados e estruturados três serviços distintos para responder às necessidades de novas atividades: inventariação permanente do potencial científico e técnico do País (pessoal, despesa, projetos e equipamentos) (Serviço de Inventário e Análise de Recursos); avaliação e acompanhamento de programas e planos de investigação (Serviço de Planeamento e Projetos); e as ações no domínio da informação científica e técnica (Serviço de Informação Científica e Técnica).
Após a Revolução de 25 de Abril de 1974, outras comissões especializadas foram criadas: a Comissão para a Investigação Urbana e Regional e a Comissão Permanente de Oceanologia. Anos mais tarde, em 1979, foi criado o Conselho Consultivo de Ciência e Tecnologia para o Desenvolvimento.
No decorrer dos anos 80, no quadro da integração europeia, os mecanismos de política científica foram reforçados e a JNICT introduziu o primeiro Plano Integrado de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (PIDCT). Este Programa previa medidas claras e específicas para o desenvolvimento e aplicação de políticas científicas destinadas à investigação. A JNICT preconizava, assim, um reforço dos mecanismos de política científica, através do crescimento dos instrumentos de financiamento, ao mesmo tempo que aumentava as iniciativas e o trabalho conjunto com parceiros externos.
Em 1986, com a extinção do Instituto de Análise da Conjuntura e Estudos de Planeamento (IACEP), pelo Decreto-Lei 41/86, de 6 de Março, o pessoal afeto ao Núcleo de Estudos Básicos de Economia Quantitativa passou a integrar os quadros de pessoal da JNICT, conforme Despacho Ministerial 20/86, assinado pelo então ministro da tutela (MPAT), Luís Valente de Oliveira. O IACEP foi criado em 1980, pelo Decreto-Lei 526/80, de 5 de Novembro, tendo integrado o Centro de Estudos de Planeamento (CEP), criado pelo Decreto-Lei 48301/1968 e o Grupo de Estudos Básicos de Economia Industrial (GEBEI), criado pelo Despacho de 6 de Julho de 1973 do Secretário de Estado da Indústria, Hermes Augusto dos Santos.
Em 1988, a JNICT sofreu uma reestruturação, através da qual foi consolidado o seu papel de instituição financiadora de investigação científica e desenvolvimento tecnológico (Decreto-Lei n.º 374/88, de 21 de outubro).
Em 1992, com a extinção do Instituto Nacional de Investigação Científica (INIC), algumas das principais atribuições desta entidade – o financiamento dos centros de investigação ligados às instituições de Ensino Superior – foram transferidas para a JNICT (Decreto-Lei n.º 188/92, de 27 de agosto).
Em 1993 foi criada a Delegação da JNICT no Norte (Despacho 5/SECT/93, de 24 de fevereiro), com o objetivo de se potenciar uma melhor gestão e acompanhamento dos programas científicos e tecnológicos da JNICT, na região Norte do país. Um ano depois, em 1994, ocorreu a última reestruturação da JNICT, com a qual funcionou até à data da sua extinção (Decreto-Lei n.º201/94, de 22 de julho).
A data de extinção da JNICT foi fixada em 1996 (Decreto-Lei n.º 144/96, de 26 de agosto), tendo a mesma deixado de estar em atividade no ano seguinte, após a entrada em vigor dos diplomas orgânicos das entidades que lhe sucederam e pelas quais foram repartidas as suas atribuições: a Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., com atribuições na área da avaliação e financiamento da investigação; o Instituto de Cooperação Científica e Tecnológica Internacional, responsável por toda a cooperação internacional, bilateral e multilateral, e o Observatório das Ciências e das Tecnologias, com atribuições na área da observação, inquirição e análise.