O Conselho da Presidência foi criado a título experimental e para efeitos meramente internos por Despacho do Ministro de Estado de 8 de Novembro de 1967. Presidido pelo Presidente da Junta e seguintes membros: Vice-Presidente da JEN, Director-Geral dos SPEM, Director-Geral do LFEN, dirigente do Gabinete de Estudos e Planeamento, Director dos Serviços Centrais, Chefe de Repartição de Relações Internacionais e dois Secretários designados pelo Presidente da JEN. Este Conselho reunia quando o Presidente da JEN o convocasse e emitia pareceres sobre os assuntos apresentados pelo Presidente.